Af, ceza hukuku alanında devletin cezalandırma yetkisine ilişkin sonuçları tamamen ya da kısmen ortadan kaldıran, bu yönüyle doğrudan doğruya kamu hukuku karakteri taşıyan bir kurumdur. Af, fiilin tarihsel olarak hiç gerçekleşmediği yahut hukuka aykırılığın hiç doğmadığı anlamına gelmez; asıl etkisini, suç nedeniyle başlayan veya kesinleşen cezaî sürecin hukukî sonuçları üzerinde gösterir. Bu sebeple af, bir davranışın maddi vakıa olarak geçmişte yaşanmış olmasını silen değil, kanunun öngördüğü ölçüde o davranışa bağlanan cezaî sonuçları kaldıran veya hafifleten bir hukuk tekniğidir. Türk ceza hukukunda bu kurumun anlaşılabilmesi için temel ayrımın genel af ile özel af arasında yapıldığı kabul edilir.
Genel af, ceza hukukunda en geniş etki doğuran af türüdür. Genel af hâlinde kamu davası düşer ve hükmolunan cezalar bütün neticeleriyle birlikte ortadan kalkar. Bu sonuç, genel affın yalnızca infaz aşamasına müdahale eden dar bir kurum olmadığını; soruşturma, kovuşturma ve mahkûmiyetin sonuçları üzerinde daha köklü bir etki meydana getirdiğini gösterir. Bu nedenle genel af, ceza ilişkisinin devlet yönünden sürdürülmesini hukuken sonlandıran bir müdahale biçimi olarak değerlendirilir. Bununla birlikte genel af, beraat kararında olduğu gibi fiilin hiç gerçekleşmediği veya failin o fiilden sorumlu olmadığı yönünde yargısal bir tespit anlamına gelmez. Burada söz konusu olan, devletin cezalandırma yetkisinin belirli kapsam ve şartlar içinde geri çekilmesidir.
Özel af ise mahkûmiyet hükmünü tümüyle silen bir kurum değil, esas itibarıyla cezanın infaz rejimine müdahale eden bir mekanizmadır. Özel af ile hapis cezasının infaz kurumunda çektirilmesine son verilebilir, infaz kurumunda geçirilecek süre kısaltılabilir veya hapis cezası adlî para cezasına çevrilebilir. Bu çerçevede özel affın etkisi, genel af gibi kamu davasını ve mahkûmiyetin bütün sonuçlarını ortadan kaldırmak şeklinde değil; daha çok cezaya bağlanmış yaptırımın uygulanış biçimini değiştirmek veya hafifletmek şeklinde ortaya çıkar. Nitekim cezaya bağlı olan veya hükümde belirtilen hak yoksunluklarının özel affa rağmen etkisini sürdürebileceği kabul edilir. Bu yönüyle özel af, mahkûmiyetin hukuk düzenindeki izlerini tümüyle silen değil; belirli sonuçları bakımından hafifleten sınırlı bir kurumdur.
Af kurumu değerlendirilirken, onun beraat, ceza verilmesine yer olmadığı, davanın başka nedenlerle düşmesi veya infaz hukukuna ilişkin bazı diğer kurumlarla karıştırılmaması gerekir. Çünkü af, yargısal bir aklama kararı değil; kanunun öngördüğü sonuçları doğuran ayrı bir hukukî müdahaledir. Bir kişi hakkında af uygulanması, her zaman o kişi hakkında fiilin sabit olmadığı yahut isnadın temelsiz bulunduğu anlamına gelmez. Aynı şekilde af, şartla salıverilme, cezanın ertelenmesi veya hükmün açıklanmasının geri bırakılması gibi kurumlarla da aynı nitelikte değildir. Bunlar çoğu zaman cezanın bireyselleştirilmesi ya da infazın belirli koşullara bağlanmasıyla ilgiliyken, af doğrudan doğruya kamu gücünün cezalandırıcı sonucuna ilişkin yasadan kaynaklanan genel bir kaldırma veya hafifletme etkisi doğurur.
Af ile karıştırılmaması gereken bir başka durum da, sanığın veya hükümlünün ölümü sebebiyle ceza ilişkisinin sona ermesidir. Sanığın ölümü hâlinde kamu davasının düşürülmesine karar verilir; ancak niteliği itibarıyla müsadereye tabi eşya ve maddi menfaatler bakımından davaya devam edilerek bunların müsaderesine hükmedilmesi mümkündür. Hükümlünün ölümü ise hapis ve henüz infaz edilmemiş adlî para cezalarını ortadan kaldırır. Buna karşılık, müsadereye ve yargılama giderlerine ilişkin olup ölümden önce kesinleşmiş bulunan hükümler infaz olunur. Buradaki sona erme sebebi, aftan farklı olarak devletin toplumsal veya siyasal takdirine dayalı bir affetme işlemi değil; kişinin hukukî varlığının sona ermesine bağlı olarak ceza ilişkisinin devam ettirilememesidir. Bu nedenle af ile ölüm, sonuçları bazı noktalarda kesişebilse de aynı hukukî mantığa dayanmaz.
Af kurumunun uygulamadaki en hassas boyutu çoğu zaman kapsam sorunudur. Bir af düzenlemesinin hangi suçları içine aldığı, hangi tarih aralığında işlenen fiillere uygulanacağı, soruşturma ve kovuşturma aşamasındaki dosyalar bakımından mı yoksa yalnızca kesinleşmiş mahkûmiyetler yönünden mi sonuç doğuracağı, güvenlik tedbirlerine veya hak yoksunluklarına etkisinin bulunup bulunmadığı, uygulamada belirleyici meselelerdir. Özellikle genel af ile özel af arasındaki farklar, bu kapsam tartışmalarında doğrudan sonuç doğurur. Çünkü genel af, kamu davası ve cezanın tüm sonuçları üzerinde daha geniş bir etki doğururken; özel af, kural olarak mahkûmiyetin tamamını değil, daha çok infaz sonuçlarını hedef alır. Bu sebeple uygulamada “af çıktı” şeklindeki genel ifade çoğu zaman yetersizdir; asıl bakılması gereken husus, hangi tür affın kabul edildiği ve metnin hangi sonuçları açıkça hedeflediğidir.
Af, kişiye doğrudan ve soyut biçimde tanınmış bireysel bir talep hakkı gibi değil; kanun koyucunun belirli kamu yararı değerlendirmeleri doğrultusunda devreye soktuğu bir hukukî sonuç doğurma mekanizması olarak işler. Dolayısıyla af tartışmaları yalnızca hükümlü lehine ortaya çıkan sonuçlar üzerinden değil; ceza siyasetinin genel yönelimi, toplumsal barış düşüncesi, infaz sisteminin işleyişi, mağdurun konumu ve kamu düzeni bakımından doğurabileceği etkiler çerçevesinde de değerlendirilir. Bu nedenle af, ceza hukukunda yalnızca teknik bir ceza kaldırma aracı değildir; aynı zamanda devletin cezalandırma yetkisini hangi koşullarda yumuşatabileceğine ilişkin kamusal ve siyasal boyutu bulunan bir kurumdur.
Türk Ceza Kanunu’nda af kurumu, özellikle 64. ve 65. maddeler çerçevesinde değerlendirilir. 65. madde, genel af ile özel af arasındaki farkı ve bunların sonuçlarını ortaya koyarken; 64. madde, sanığın veya hükümlünün ölümü hâlinde ceza ilişkisinin nasıl sona ereceğini düzenler. Bu hükümler birlikte değerlendirildiğinde, af kurumunun ceza sorumluluğunu ve infazı etkileyen diğer sona erme nedenlerinden ayrıldığı daha net biçimde görülür.